新疆農(nóng)墾科學院是兵團直屬的綜合性科研單位，也是兵團學術機構，其前身是1959年成立的兵團農(nóng)科所，1969年在文化大革命中被解散，1979年經(jīng)自治區(qū)批準恢復并改名為“新疆農(nóng)墾科學研究院”，1983年4月由農(nóng)業(yè)部正式命名為“新疆農(nóng)墾科學院”。院以解決兵團農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)發(fā)展過程中共性、關鍵性的技術為工作重點，是實施有兵團特色區(qū)域創(chuàng)新體系建設的重要組成部分。院下設作物研究所、棉花研究所、機械裝備研究所、畜牧獸醫(yī)研究所、水利土壤研究所、林園研究所、農(nóng)產(chǎn)品加工研究所、科技信息研究所和分子農(nóng)業(yè)技術育種中心、農(nóng)業(yè)部食品質量監(jiān)督檢驗測試中心（石河子）、農(nóng)業(yè)新技術推廣服務中心及省部共建國家重點實驗室培育基地（新疆兵團綿羊繁育生物技術重點實驗室）、《新疆農(nóng)墾科技》編輯部、新疆農(nóng)墾科技咨詢中心、試驗場和附屬中小學等單位。有國家博士后工作站1個、國家節(jié)水試驗基地1個、國家棉花工程中心良種繁育基地1個，國家掛牌重點領域有：綿羊育種、節(jié)水灌溉、農(nóng)產(chǎn)品監(jiān)測、優(yōu)質棉基地、農(nóng)業(yè)信息化5個領域，兵團級學會1個（兵團棉花學會）。
院事業(yè)編制329人，現(xiàn)在編人員304人，其中，工程院院士1人，正高職稱28人，副高職稱84人，中級職稱143人。各類專家47人，其中享受政府特貼專家36人，人事部、農(nóng)業(yè)部等省部級有突出貢獻的中青年專家17人，新世紀百千萬人才工程人選1人，兵團學術技術帶頭人10人。
建院以來（至2008年底），共取得科技成果452項，獲兵團級以上獎勵279項。其中獲國家科技進步一等獎4項，二等獎3項，三等獎6項，省部級一等獎34項�！笆濉币詠慝@國家科技進步獎項目3項，獲兵團科技進步一等獎項目5項。
近20年來（至2008年底），育成麥類、雜交油葵、雜交水稻、玉米、大豆和美利奴（新疆軍墾型）細毛羊、肉用細毛羊等農(nóng)牧新品種62個；研制成棉花鋪膜播種機、通用精量播種機、中耕施肥機、聯(lián)合整地機等農(nóng)牧新機具26種。累計推廣先進、實用農(nóng)牧業(yè)新技術、新品種、農(nóng)業(yè)機械等一批先進實用的科技成果100余項，創(chuàng)社會經(jīng)濟效益近80億元；院科技扶貧、科技特派、科技服務團還對自治區(qū)、兵團20余個貧困團場（縣）開展的科技扶貧攻堅工程，已使其中5個農(nóng)牧團場脫貧。對兵團農(nóng)牧團場增產(chǎn)增效及職工增收起到了積極的推動作用，促進了科技開發(fā)與經(jīng)濟發(fā)展的有機結合，振興了團場（地方）經(jīng)濟。
“十一五”以來，共完成科技成果登記（鑒定、驗收）61項，申請專利37項，已授權13項，通過自治區(qū)品種審定委員會審定農(nóng)作物新品種21個；在國家、省級刊物上發(fā)表各類論文345篇。
“十一五”以來，全院共組織申報各級各類科技項目473項，獲批170項，爭取各級科研經(jīng)費6000余萬元�，F(xiàn)有在研科研項目149項，其家級項目39項，兵團級項目81項，院本級項目29項。
“十一五”以來，科研條件新增投資1150萬元，新增建設面積6000余平米，科研基礎平臺建設投入700余萬元。目前擁有5萬元以上的科研儀器設備，64臺（套），價值1408.88萬元。并擁有100萬元以上的“液相色譜-質譜聯(lián)用儀ANGLIENT6460”、“多重基因表達分析系統(tǒng)GENOMELAB GeXP”等高新的實驗儀器設備。我院與科學院、農(nóng)科院、農(nóng)業(yè)大學、南京農(nóng)業(yè)大學、東北農(nóng)業(yè)大學、西北農(nóng)林科技大學、新疆農(nóng)科院、新疆農(nóng)業(yè)大學、石河子大學、塔里木大學等多個科研院、所及高校建立了科技協(xié)作和學術交流關系。通過國家外專局引進國外智力等渠道，聘請了美國、德國、澳大利亞、加拿大、日本等國專家來院從事科研和學術交流。建有和兵團級引進國外專家和技術示范基地，為引進智力、擴大交流起到了積極的促進作用。院先后榮獲自治區(qū)級文明單位、自治區(qū)綠化模范單位、石河子市花園式單位等榮譽稱號。
