淮陰所自2007年起開始農業(yè)科學觀測工作，并按照國家數(shù)據(jù)中心及省農科院統(tǒng)一部署安排，依據(jù)有關數(shù)據(jù)采集的標準、規(guī)范要求，組織植保等團隊及科研人員，充分利用現(xiàn)有科研條件，積極協(xié)調爭取各方面經費支持，對淮安區(qū)域范圍內的“植物保護”“天敵等昆蟲資源”“土壤質量”以及“農業(yè)環(huán)境”“作物種質資源”等領域進行持續(xù)扎實的觀測監(jiān)測工作；特別是圍繞本地區(qū)水稻、小麥和玉米等主要農作物的重要病蟲草害發(fā)生數(shù)量及種群、個體變化及抗藥性、作物抗性變化等觀測監(jiān)測，嚴謹務實、富有成效。年開展各種觀測實驗數(shù)百項，采集稻麥玉豆等農作物病菌60多份，天敵昆蟲50多份，上傳病蟲情數(shù)據(jù)8000余條。在2021年國家農業(yè)科學基礎性長期性觀測監(jiān)測工作總結評比中，榮獲年度農業(yè)科學觀測（植物保護）“先進單位”，陳香華、李美霞、趙云霞和張凱、唐藝婷等五位同志被評為“先進個人”。

在此期間，淮陰所還堅持對數(shù)據(jù)監(jiān)測結果進行分析、總結，提出了一系列專業(yè)性、綜合性分析報告，為推動區(qū)域農業(yè)科技源頭創(chuàng)新和管理決策提供了基礎支撐和重要參考。同時，緊緊圍繞國家“在全國布局一批負責觀測監(jiān)測的國家農業(yè)科學實驗站”目標安排，不斷整合資源要素，協(xié)調各方力量，積極準備、申報“國家農業(yè)科學觀測實驗站”。經由各數(shù)據(jù)中心綜合考察，該所植物保護、天敵等昆蟲資源和土壤質量3個方向（領域），被確定為“十四五”期間國家農業(yè)科學觀測實驗點及簽約項目，并在2021年11月國家農業(yè)部科技教育司組織的“十四五”擬新增國家農業(yè)科學觀測試驗站復核工作中，順利通過考評答辯，成為“十四五”國家擬新增30個國家農業(yè)科學觀測試驗站之一，目前正在編制可行性研究報告。

農業(yè)基礎性長期性科技工作是國家農業(yè)管理部門為了推動我國農業(yè)科學技術創(chuàng)新與發(fā)展、指導農業(yè)生產實施的開創(chuàng)性重大舉措。旨在通過長期系統(tǒng)地對農業(yè)生產要素及其動態(tài)變化進行科學觀察和記錄，闡明內在聯(lián)系及規(guī)律，從而服務政府決策、支撐科技創(chuàng)新和指導實際生產。2017年國家正式啟動該項工作，由國家農業(yè)農村部統(tǒng)一領導，并委托農業(yè)科學院牽頭組建的國家農業(yè)科技創(chuàng)新聯(lián)盟牽頭協(xié)調組織，依托農業(yè)部部屬三院、省地農科院（所）即中央-省-地三級聯(lián)動、全國一體化的工作格局作為主體具體實施。在作物種質資源、土壤質量、農業(yè)環(huán)境、植物保護、畜禽養(yǎng)殖、動物疫病、農用微生物、漁業(yè)科學、天敵等昆蟲資源、農產品質量等10個領域進行62項任務的長期觀測監(jiān)測。